A oração de são Francisco era em primeiro lugar a oração litúrgica: a Santa Missa e o Ofício divino.

A Eucaristia ocupava o lugar central do seu dia, e sempre a recomendava quando escrevia aos fiéis e aos governantes: viver santamente para receber dignamente o Corpo e o Sangue de Cristo, pois no final, a via principal para a santidade e a perfeição, está no encontro com Cristo vivo e verdadeiro.

A Liturgia das horas – ofício divino – era celebrada por são Francisco “com todo respeito e recolhimento”. Na sua Regra, são Francisco quis rezar conforme as normas da Santa Igreja Romana, para manifestar a sua ligação com o Papa. Nele não havia desejo algum de inovar, de fantasiar, ou de uma originalidade fútil, pois era completamente consciente de que na liturgia se manifesta de um jeito singular a unidade da Igreja. O Divino Ofício era rezado por ele com respeito, também quando viajava: se chovia, parava no meio do caminho e, com a cabeça descoberta, rezava os salmos.

A Missa estava no centro de sua vida, pois era ali que ele se alimentava do Corpo e do Sangue de Cristo, como podemos ler na carta a todos os fiéis. Recomendava aos frades que guardassem com veneração as Igrejas, preocupando-se que os altares fossem bem arrumados com todos os ornamentos que convinham, e que os vasos sagrados fossem dignos de guardar as espécies eucarísticas, chegando a mandar os freis com ambulas preciosas para com elas prover as igrejas mais pobres.

Todavia, não tinha dúvidas em despojar os altares para socorrer os pobres em extrema necessidade, confiando que Deus providenciaria oportunamente outros ornamentos para suprir a esses utilizados para socorrer os pobres.